Aus dieser Situation heraus entstand die Idee, einen Projektchor zu gründen, der von den Wohnorten der Mitsänger/innen unabhängig ist. Schnell entstanden die ersten konkreten Ideen: Als Programm wurde das Mozart-Requiem gewählt. Aufführungstermine sollten Anfang November 1988 sein und als Konzertorte boten sich natürlich Freiburg und München an. Für die konkrete Durchführung des Projekts erwies es sich als Glücksfall, daß die Kontrabassistin und Schwester des Dirigenten, Michaela Hefele in München viele Orchestermusiker und Chorsänger kannte, so daß das Projekt „Mozart-Requiem" als Freiburg-Münchner Gemeinschaftsunternehmen auch personell gut realisiert werden konnte. Da man für den neuen Chor auch einen Namen brauchte, besann man sich auf das naheliegende und taufte das Ensemble „Capella Nova München". 

Mit drei Probenwochenenden, viel organisatorischem Geschick und Aufwand, reichlich Enthusiasmus und Hilfe von verschiedenster Seite konnten schließlich die ersten Konzerte (zwei in München und eines in Freiburg) gegeben werden. Sie waren musikalisch ein großer Erfolg und wurden äußerst gut besucht. 

Ermutigt durch den glücklichen Anfang wurde beschlossen, ab jetzt regelmäßig zwei Projekte im Jahr zu organisieren. Da ein Projektchor  ja immer erst stimmlich zusammenwachsen muss, entstand die Idee, dies durch eine ganze Probenwoche, unterstützt durch professionelle Stimmbildung, zu befördern. Das zweite Programm war doppelchörig: J.S.Bachs Motette „Singet dem Herrn ein neues Lied" und Frank Martins Messe für zwei gemischte vierstimmige Chöre. Pfingsten 1989 gab es dann zwei Aufführungen in München. Damals entstand übrigens auch das spezielle Stimmbildungskonzept des Chores. 

Es folgten eine Reihe weiterer Chorprojekte, mit Hilfe derer sich der Chor auch durch die Programmgestaltung und die gebotene Leistung in München und im Würmtal einen Namen machte. Da sich der Schwerpunkt des Chores im Laufe der Zeit immer mehr ins Würmtal verlagerte, erwies sich die Arbeitsform des Projektchores bald nicht mehr als sinnvoll. 1991 wurde beschlossen, durch regelmäßige wöchentliche Proben, verbunden mit Probenwochenenden, die Konzertprogramme zu erarbeiten. 

Im selben Jahr gab es auch eine formale Neuerung. Da mit dem Wachsen des Chores auch die organisatorischen Aufgaben immer umfangreicher wurden, entschied man sich, einen Verein zu gründen. Seit 1991 heißt der Chor „Capella Nova München e.V." Er ist auch Mitglied im Bayerischen Sängerbund und im Münchner Singkreis. Die verschiedenen Vorstände  gestalteten die Vereinsgeschicke in der jeweils ihnen eigenen Weise.  Der Vorstand versteht sich vor allem als Team, in dem die unterschiedlichen Fähigkeiten der Vorstandsmitglieder Synergieeffekte erzeugen. 

Als besondere Ereignisse der Chorgeschichte sollen die beiden bisherigen Chorreisen erwähnt werden. Die erste Reise im Jahre 1992 führte, vermittelt durch persönliche Kontakte, nach Hessen und Nordrhein-Westfalen. Die drei Konzerte in Frankfurt, Ingelheim und Hilden mit dem Pärt/Britten-Programm dürfen sowohl musikalisch als auch von der Stimmung im Chor her als ein Höhepunkt bezeichnet werden. Die zweite Reise führte 1994 in die Neuen Bundesländer. Auma in Thüringen und Plauen in Sachsen waren die Ziele. Ein begeistertes Echo auf das Schütz/Monteverdi-Programm, sowie viele berührende Eindrücke halten diese Chorfahrt noch lange in Erinnerung. 

Als Beispiel für die Gestaltung ungewöhnlicher Konzertprogramme sei das Konzert mit Werken osteuropäischer Komponisten erwähnt. Chorkompositionen von Bela Bartok und Antonin Dvorak wurden ebenso in Originalsprache einstudiert, wie die seltenen und anspruchsvollen „Kinderreime" von Leos Janacek. Da das Stück für Chor und ein eigenwillig besetztes Instrumentalensemble  geschrieben ist, vergab die „Capella Nova München" einen Kompositionsauftrag mit der gleichen Besetzung für den  in München lebenden Rumänen Stefan Zorzor. Er widmete seine „Begrüßungskantate" dem Chor. 

Ein echtes „Großereignis" war 1995 aus Anlass des 100. Geburtstages von Carl Orff die Aufführung der „Carmina Burana". Passend zum Anlass konzertierte die „Capella Nova München" im Carl-Orff-Saal des Münchner Gasteig vor ausverkauftem Hause mit der Fassung für zwei Klaviere und Schlagzeug. Das Konzert war auch musikalisch ein Höhepunkt in der Geschichte des Chores. 

Für den Zeitraum bis 1997 sei neben den vielen interessanten Konzertprogrammen (siehe Liste) eine weitere  Besonderheit erwähnt. Auf Grund der musikalisch sehr gelungenen Aufführungen der Schützschen Matthäuspassion und weil des öfteren danach gefragt wurde, produzierte die „Capella Nova München" im Juli 1996 ihre erste CD. Die Aufnahmen fanden in der Simeonskirche in München und Im Tonstudio Puzzlepie in Türkenfeld statt. 

Das Ensemble experimentiert auch gerne immer wieder mit neuen und ungewöhnlichen Konzertformen. Zwei Beispiele sollen genannt werden. Zum einen aus dem Jahre 1996 ein Programm mit englischer Chormusik aus Renaissance und Romantik. Hier war eine spezielle Art des Gesprächskonzertes formgebend. Durch das Einbeziehen zweier Sprecher konnte die selten zu hörende Musik zugleich vergnüglich und informativ den Konzertbesuchern nahe gebracht werden. Während der Dirigent die Zuhörer durch kurze, ansprechende Informationen zur Musik zu gewinnen vermochte, verzauberte der Schauspieler Carlo Göschl das Publikum durch seine anrührende Rezitation der ins Deutsche übersetzten Texte.  

Auch das Programm mit erotischer Chormusik von 1997 soll hervorgehoben werden.  Als Höhepunkt der vom Kulturförderverein Würmtal e.V. veranstalteten „Erotic Days" brachte die „Capella Nova München" unter dem Titel „Deine Augen küssen mir das Kleid vom Leibe" eine musikalische Revue. Unter Einbeziehung von Musikstücken aus den verschiedenen Jahrhunderten zum Thema Erotik, wurde mit Schauspiel, Tanz, Kostümen, Lichtgestaltung, Conference , Regie und der dramaturgischen Idee eines Spiels im Spiel ein erotisches Gesamtkunstwerk realisiert. Der hohe Einsatz beim Verfassen der Texte, dem Arrangieren der Musiknummern und der Probenarbeit wurde durch den außergewöhnlichen Erfolg beim Publikum belohnt.

Konzert mit spanischer Renaissancemusik ("Música Ibérica") in Gräfelfing

Konzert mit Adriano Banchieris "Barca" in Planegg

In den darauffolgenden Jahren bis 2005 fand das integrative Programmkonzept mit der Realisierung von Adriano Banchieris "Barca di Venetia per Padova" ein besonders gelungenes Beispiel. Die Capella-Nova-Bearbeitung dieses Stückes mit Texten von Walter Hohenester kam beim Publikum sehr gut an, so dass diese Madrigalkomödie insgesamt fünf Mal aufgeführt wurde. Weitere Höhepunkte dieser Zeitspanne waren das Programm "Música Ibérica" mit spanischer Renaissancemusik und und die Aufführung dreier weltlicher Bachkantaten im Juni 2005.

Zwei Ereignisse des Jahres 2008 verdienen besonderer Erwähnung. Zum 20-jährigen Jubiläum brachte der Chor seine dritte CD heraus. Unter dem Namen "Songs of Love" erschienen 14 Evergreens für Chor arrangiert. Die Besetzungen variieren von a cappella-Sätzen bis hin zu Arrangements mit Bandbegleitung. Im eigentlichen Jubiläumskonzert erklang von Georg Friedrich Händel das "Alexanderfest - oder die Macht der Musik".
 

    Die wichtigsten Konzerte der Capella Nova München: